日本地龜的背甲顏色較淺，頭部相對較小，眼睛很大，背甲相對比較扁平，有棱突但是并不明顯，鑒別起來比較容易，成體屬于中等體型，腳趾間蹼不明顯，水性不是很好。

　　日本地龜的身體大致為棕色，頭部的顏色稍稍淡于體色，頭部的兩側與頸部周圍都長有黑色的小斑點。只能看到一條嵴棱，棱突起的地方能夠看到一條淺色的黃條紋，有的龜可能沒有。背甲后沿為鋸齒狀。背部還帶有發散狀的溝渠形成的別致紋絡。成年的日本地龜背長大約為13cm~18cm左右。它的身體為灰色偏黃，四肢和尾巴的兩邊帶有菊色和暗橙色的條紋。此龜的身體大于雄龜，但雄龜的尾巴較長。

　　日本地龜背甲最長可生長至約17厘米，底甲有色彩鮮艷的花紋。背甲板邊緣呈鋸齒狀，背甲呈紅褐色，有顏色暗淡的斑紋，背甲和腹甲之間有鉸鏈位;腹甲呈黑色或黑褐色，腹甲邊緣的顏色是黃色的。上腭前端的呈尖鉤，令它們可以快速方便地捕獲獵物和用力咀嚼食物。頭部、頸部及四肢也有紅棕色的虛線。幼龜孵化后，背甲長度可達3.5~3.6厘米。